More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2919 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  95.74 
 
 		 305 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  89.18 
 
 		 305 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.18 
 
 		 305 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 308 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  71.15 
 
 		 305 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  71.29 
 
 		 304 aa  431  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  69.64 
 
 		 304 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  62.54 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 305 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 305 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  60.4 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 301 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 309 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 306 aa  356  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 307 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  312  4.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 304 aa  248  9e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 309 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 309 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.71 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.17 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  24.15 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  24.49 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  24.49 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>