More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5863 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  609  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  71.81 
 
 		 301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  64.77 
 
 		 339 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 339 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  61.2 
 
 		 308 aa  378  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 305 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 305 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  60.74 
 
 		 305 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 305 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  60.74 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.07 
 
 		 305 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 305 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  59.8 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 		 304 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 305 aa  363  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 307 aa  335  7e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 311 aa  234  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 311 aa  188  8e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 317 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 314 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  30.17 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.17 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>