More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0036 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  593  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  92.31 
 
 		 304 aa  553  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 300 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  70.81 
 
 		 312 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  73.49 
 
 		 312 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  42.66 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  44.52 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  41.36 
 
 		 325 aa  209  7e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.19 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.64 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 317 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.31 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.07 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.31 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  41.02 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  44.11 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.63 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.73 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.31 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.31 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.31 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 313 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.53 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.05 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 321 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 		 321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  42.2 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.46 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.39 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 320 aa  198  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  36.18 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.18 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 331 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>