More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1157 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  667    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 298 aa  451  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 299 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 320 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 311 aa  239  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  218  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  38.7 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  39.73 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  39.73 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  38.95 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  40.34 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  37.67 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 323 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 323 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.64 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.64 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.97 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.06 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  34.12 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.54 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.72 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  34.8 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  39.8 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  36.07 
 
 		 290 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.3 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.67 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.38 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.38 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.38 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>