More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2948 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 305 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 304 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 308 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 308 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 		 303 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 		 303 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 308 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  85.76 
 
 		 308 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  87.13 
 
 		 303 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 		 303 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  84.77 
 
 		 323 aa  521  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  85.47 
 
 		 301 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  82.89 
 
 		 303 aa  507  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  83.06 
 
 		 303 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  83.44 
 
 		 305 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  83.06 
 
 		 311 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  55.74 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 301 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  55.81 
 
 		 301 aa  329  3e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  51.09 
 
 		 290 aa  292  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  55.17 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.71 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.36 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  34.28 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  33.92 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 318 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.35 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  37.46 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.23 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.62 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.63 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  33.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.79 
 
 		 299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  33 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.11 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.33 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.33 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.33 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  34.89 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  31.77 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.76 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>