More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01040 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  620  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 301 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  81.06 
 
 		 299 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  94.85 
 
 		 233 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  57.93 
 
 		 301 aa  334  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  56.48 
 
 		 308 aa  333  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 303 aa  332  4e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 303 aa  331  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  55.81 
 
 		 305 aa  329  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 311 aa  311  9e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 323 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 305 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  44.44 
 
 		 290 aa  248  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.35 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.01 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  35.29 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  34.95 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 323 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 323 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.91 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.05 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.05 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.05 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.37 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.93 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.71 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.59 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.12 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 309 aa  165  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.49 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.79 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.84 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.79 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  35.14 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  32.65 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  32.65 
 
 		 325 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  33.22 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.3 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.25 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>