More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03145 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  100 
 
 		 290 aa  595  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 303 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  51.27 
 
 		 301 aa  296  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 304 aa  295  6e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  50.18 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 303 aa  295  7e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 303 aa  294  9e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 303 aa  294  9e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  51.09 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 303 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 305 aa  279  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 311 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 303 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 303 aa  271  7e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  248  9e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  41.61 
 
 		 299 aa  243  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  42.24 
 
 		 233 aa  199  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.42 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.42 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.23 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.23 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  34.31 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  30.94 
 
 		 307 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.63 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  33.94 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.38 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.38 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.38 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.38 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  33.93 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.38 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.51 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.84 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.32 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.17 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  32.63 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.93 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.93 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.93 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.97 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.46 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.42 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 320 aa  135  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>