More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5771 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 307 aa  620  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  65.35 
 
 		 317 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 309 aa  323  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  51.49 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  51.16 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 298 aa  251  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 298 aa  245  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 327 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  43.34 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.07 
 
 		 296 aa  225  7e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.07 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 312 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.36 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 323 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.06 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.98 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.51 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.98 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  41.52 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.72 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.37 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.33 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.33 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.33 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  40.82 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.27 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.27 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  33.11 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2780  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.34 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1422  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.628384  normal  0.116647 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  38.41 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.97 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  35.27 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 308 aa  178  8e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  35.95 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  33.81 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>