More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0334 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  631  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 299 aa  269  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 317 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 298 aa  255  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 326 aa  245  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.43 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  45.22 
 
 		 323 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.25 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.25 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  45.22 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.76 
 
 		 305 aa  227  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  41.12 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.45 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.41 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.12 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.07 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.07 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.07 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  38.8 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 313 aa  215  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.28 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  41.56 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.8 
 
 		 311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.8 
 
 		 311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.92 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 311 aa  209  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  43.73 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  44.6 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.42 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  43.68 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 301 aa  205  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  205  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  36.61 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 321 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.62 
 
 		 299 aa  202  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  36.68 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  38.44 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  38.98 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.12 
 
 		 296 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  38.54 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>