More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1922 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  620  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  42.61 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 303 aa  225  7e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  39.53 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  40.89 
 
 		 305 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 303 aa  221  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 311 aa  208  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.38 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  38.13 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.04 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2523  putative hydrogen peroxide-inducible genes activator  43.34 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0446369 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.1 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  37.93 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.1 
 
 		 311 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  37.59 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  37.87 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.38 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  38.7 
 
 		 313 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  39.46 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.31 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.84 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  34.88 
 
 		 290 aa  179  4.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 312 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.18 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.62 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.62 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.62 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.62 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.62 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  36.64 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.68 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.97 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  35.49 
 
 		 317 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  35.03 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 336 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 323 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 323 aa  169  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  35.08 
 
 		 323 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>