More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4602 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2523  putative hydrogen peroxide-inducible genes activator  52.22 
 
 
305 aa  265  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0446369 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 
308 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
299 aa  251  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 
298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
311 aa  236  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 
301 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
301 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 
308 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
308 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
308 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
308 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
320 aa  211  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
303 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  38.46 
 
 
305 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  39.79 
 
 
301 aa  205  7e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
317 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  45.32 
 
 
320 aa  199  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  35.74 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  37.84 
 
 
301 aa  199  7e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
301 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  42.32 
 
 
300 aa  194  1e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
323 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
303 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 
310 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.66 
 
 
311 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
302 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  39.04 
 
 
301 aa  192  6e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.31 
 
 
311 aa  192  7e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
301 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
302 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.84 
 
 
296 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
302 aa  189  4e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
301 aa  189  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
302 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  41.78 
 
 
301 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.49 
 
 
296 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
298 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 
323 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
311 aa  186  4e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  39.8 
 
 
311 aa  186  4e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
320 aa  185  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 
323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.52 
 
 
299 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  40.07 
 
 
313 aa  183  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
301 aa  183  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
311 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  36.95 
 
 
307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 
312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 
315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  40.88 
 
 
304 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
300 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.61 
 
 
307 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.2 
 
 
297 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
317 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.14 
 
 
304 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.46 
 
 
305 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.82 
 
 
305 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  36.27 
 
 
311 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.2 
 
 
302 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.2 
 
 
302 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
303 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  35.76 
 
 
307 aa  176  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.33 
 
 
302 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  175  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
309 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  44.24 
 
 
314 aa  175  8e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
309 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.41 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.21 
 
 
302 aa  172  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.273719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>