More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1919 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  595  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  83.6 
 
 		 320 aa  507  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 324 aa  286  2e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  53.82 
 
 		 314 aa  280  2e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  52.17 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  52.25 
 
 		 304 aa  245  6e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  49.64 
 
 		 300 aa  245  6.999999999999999e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  46.03 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  44.41 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  45.21 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  45.28 
 
 		 320 aa  228  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2230  LysR substrate-binding protein  51.39 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  43 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.71 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  41.26 
 
 		 296 aa  226  6e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  45.96 
 
 		 313 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  43 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  43.45 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  43.45 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  43.45 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.32 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.56 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  45.16 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.59 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  42.77 
 
 		 317 aa  215  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 317 aa  215  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 317 aa  215  9e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  44.3 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.93 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  45.04 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 316 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 331 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 321 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.78 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  44.13 
 
 		 321 aa  207  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 319 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 318 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.23 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.23 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.23 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  41.23 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  40.91 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  41.38 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>