More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4881 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
317 aa  625  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 
301 aa  302  5.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
320 aa  258  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 
299 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 
298 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
301 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
311 aa  231  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  42.37 
 
 
301 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  42.03 
 
 
301 aa  228  9e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
308 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 
312 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  45.95 
 
 
304 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
301 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  40 
 
 
301 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
310 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
308 aa  209  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
317 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 
308 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  37.66 
 
 
305 aa  205  7e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 
302 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
308 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
308 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
304 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
308 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 
312 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
303 aa  202  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  36.12 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
311 aa  199  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.95 
 
 
302 aa  199  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  40.27 
 
 
300 aa  198  7.999999999999999e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
305 aa  198  9e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  41.47 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  37.22 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.04 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
303 aa  196  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
302 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
323 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.84 
 
 
302 aa  195  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.84 
 
 
302 aa  195  9e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.46 
 
 
296 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.1 
 
 
296 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
316 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.5 
 
 
305 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
301 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
313 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
319 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
319 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
319 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
319 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 
315 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 
315 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
304 aa  192  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
307 aa  192  8e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
302 aa  192  8e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.16 
 
 
305 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  36.93 
 
 
317 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  38.1 
 
 
307 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.63 
 
 
305 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
311 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
319 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.82 
 
 
302 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 
318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
319 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
308 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  39.87 
 
 
301 aa  189  5e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 
336 aa  189  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
308 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
308 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.16 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>