More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1224 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  623  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 308 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 308 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 308 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 303 aa  563  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 303 aa  563  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  88.04 
 
 		 308 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 304 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  88.7 
 
 		 303 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  88.7 
 
 		 303 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  92.28 
 
 		 303 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 311 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  88.33 
 
 		 305 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  85.05 
 
 		 323 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  83.22 
 
 		 305 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  82.01 
 
 		 301 aa  500  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 301 aa  335  7e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  55.52 
 
 		 299 aa  334  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  55.48 
 
 		 301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 303 aa  309  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  49.82 
 
 		 290 aa  287  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  55.17 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  35.61 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  35.25 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.59 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 320 aa  182  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.59 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  33.81 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.15 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  34.89 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  33.44 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.47 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.47 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.47 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.25 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.9 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  37.41 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.17 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.52 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.79 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.43 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 308 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>