More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3046 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 
303 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 
303 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 
304 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  97.01 
 
 
303 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  95.71 
 
 
308 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  95.38 
 
 
308 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  95.71 
 
 
308 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  95.71 
 
 
308 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  88.7 
 
 
303 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  87.13 
 
 
305 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
303 aa  534  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  87.38 
 
 
323 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  85.71 
 
 
311 aa  528  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 
305 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  84.78 
 
 
301 aa  519  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  56.86 
 
 
299 aa  346  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  58.14 
 
 
301 aa  343  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  56.48 
 
 
301 aa  331  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 
303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  50.18 
 
 
290 aa  291  1e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  55.17 
 
 
233 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
298 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
308 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
311 aa  225  6e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
299 aa  222  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
301 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
320 aa  205  9e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
317 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
302 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 
310 aa  195  7e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
301 aa  192  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.43 
 
 
296 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
320 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.08 
 
 
296 aa  188  8e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
302 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  34.89 
 
 
301 aa  186  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  34.53 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
314 aa  181  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  36.82 
 
 
300 aa  181  2e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
302 aa  178  8e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
302 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
303 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  33.69 
 
 
307 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  35.12 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 
323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
317 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  34.13 
 
 
313 aa  170  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 
318 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.47 
 
 
299 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.17 
 
 
301 aa  170  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
311 aa  169  6e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
312 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.17 
 
 
311 aa  169  7e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
319 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.36 
 
 
319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
315 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
319 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 
315 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.88 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.31 
 
 
302 aa  163  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.56 
 
 
311 aa  163  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
304 aa  162  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 
319 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
307 aa  162  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  31.97 
 
 
317 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 
319 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  33.68 
 
 
319 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 
319 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 
319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
323 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
319 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 
319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 
319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.67 
 
 
305 aa  161  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>