More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3497 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  100 
 
 		 301 aa  614  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.85 
 
 		 305 aa  342  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.44 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.44 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.44 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.44 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.44 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.7 
 
 		 302 aa  339  4e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.24 
 
 		 305 aa  338  4e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.24 
 
 		 305 aa  338  4e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  57.24 
 
 		 305 aa  338  4e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.7 
 
 		 302 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  338  8e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.89 
 
 		 305 aa  335  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.52 
 
 		 305 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.03 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  56.36 
 
 		 302 aa  332  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.74 
 
 		 302 aa  332  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  55.44 
 
 		 297 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  56.4 
 
 		 303 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  53.74 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  48.14 
 
 		 299 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  43.43 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  47.6 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  42.76 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  45.92 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  45.92 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  45.89 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  42.61 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  38.36 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  38.66 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.36 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 318 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 320 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  37.12 
 
 		 317 aa  205  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 323 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 321 aa  202  6e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 307 aa  202  7e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 320 aa  201  9e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  37.75 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0969  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256112 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  36.42 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  38.83 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 318 aa  192  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0001  LysR substrate binding domain protein  38.57 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000100891 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 331 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 330 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>