More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1241 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
315 aa  633  1e-180  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 
314 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
311 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  43.97 
 
 
323 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 
323 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.65 
 
 
336 aa  227  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  43.65 
 
 
313 aa  219  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.36 
 
 
305 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  40.47 
 
 
301 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 
302 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.46 
 
 
305 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.46 
 
 
305 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.46 
 
 
305 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.8 
 
 
296 aa  209  7e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 
302 aa  209  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40 
 
 
305 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.46 
 
 
296 aa  207  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 
305 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 
302 aa  206  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
302 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
305 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
305 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
305 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
305 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
308 aa  203  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.43 
 
 
304 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.7 
 
 
305 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.38 
 
 
305 aa  201  9e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  37.38 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
313 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
301 aa  192  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.95 
 
 
301 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 
320 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
308 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
308 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  41.29 
 
 
323 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  41.29 
 
 
323 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
301 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
299 aa  188  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  37.04 
 
 
307 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
306 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  41.73 
 
 
311 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
311 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
323 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  186  4e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  41.61 
 
 
313 aa  186  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
319 aa  186  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
320 aa  185  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.78 
 
 
311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.43 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.03 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.12 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
301 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
309 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.86 
 
 
302 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.01 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.79 
 
 
319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  35.79 
 
 
319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.79 
 
 
319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 
312 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
309 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  35.76 
 
 
307 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  37.16 
 
 
304 aa  176  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
308 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
308 aa  176  5e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.45 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.45 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.45 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.45 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
308 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 
310 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
319 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
310 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.45 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  31.56 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>