More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1129 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  621  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  92.28 
 
 
303 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  87.58 
 
 
308 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  86.47 
 
 
303 aa  554  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
308 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
304 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
308 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
308 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  87.92 
 
 
303 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  87.92 
 
 
303 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
303 aa  549  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 
311 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  87.75 
 
 
305 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  82.89 
 
 
305 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  84 
 
 
323 aa  521  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  82.01 
 
 
301 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  54.85 
 
 
299 aa  333  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  55.15 
 
 
301 aa  323  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  55.15 
 
 
301 aa  318  5e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
303 aa  310  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  49.12 
 
 
290 aa  288  9e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  53.45 
 
 
233 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
298 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
311 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
299 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
313 aa  211  9e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
317 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
308 aa  206  5e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
320 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
320 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
302 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
301 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  35.61 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  35.25 
 
 
301 aa  182  7e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
314 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.97 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.62 
 
 
296 aa  178  8e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
302 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  33.81 
 
 
307 aa  175  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 
320 aa  175  9e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.71 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
317 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 
312 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  35.71 
 
 
301 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
303 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 
323 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  33.22 
 
 
301 aa  169  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  38.04 
 
 
308 aa  168  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.46 
 
 
299 aa  168  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  33.78 
 
 
304 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  35.25 
 
 
313 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 
323 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
301 aa  166  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
302 aa  165  8e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 
318 aa  165  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.8 
 
 
305 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
302 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
302 aa  165  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 
305 aa  165  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.66 
 
 
305 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.89 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.89 
 
 
305 aa  162  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.89 
 
 
305 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.89 
 
 
305 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32 
 
 
302 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.67 
 
 
302 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.3 
 
 
302 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32 
 
 
302 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
306 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
309 aa  158  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
304 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
319 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32 
 
 
302 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
319 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
312 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
319 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>