More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3312 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  622  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03145  Transcriptional regulator of lysR family protein  70.34 
 
 		 290 aa  438  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.800641  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 308 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 308 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 308 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  51.76 
 
 		 301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  50.17 
 
 		 305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 303 aa  295  5e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 305 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  48.46 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 311 aa  292  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 323 aa  291  8e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  48.66 
 
 		 301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004373  transcriptional regulator LysR family  45.89 
 
 		 233 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 320 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 326 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  32.53 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.05 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.05 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.05 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.05 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.05 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.18 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.71 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  35.17 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.83 
 
 		 296 aa  158  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.26 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.57 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.57 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.57 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  33.33 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.75 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.17 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  31.27 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  31.47 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  32.07 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.82 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.36 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>