More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0066 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  100 
 
 		 307 aa  627  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  99.02 
 
 		 307 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 308 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  93.69 
 
 		 308 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  93.69 
 
 		 308 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  93.69 
 
 		 308 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  95.36 
 
 		 309 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  87.25 
 
 		 311 aa  544  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  88.82 
 
 		 310 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  88.82 
 
 		 310 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  89.07 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  65.13 
 
 		 319 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 306 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  63.05 
 
 		 301 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  59.31 
 
 		 309 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  58.62 
 
 		 318 aa  351  8e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  56.51 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  54.15 
 
 		 317 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 319 aa  325  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  52.23 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 319 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.94 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.94 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.94 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.94 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 315 aa  322  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 315 aa  322  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 319 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 319 aa  321  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.61 
 
 		 319 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  52.61 
 
 		 319 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.61 
 
 		 319 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  52.29 
 
 		 319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  52.29 
 
 		 319 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 318 aa  318  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 316 aa  316  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 304 aa  314  9e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 330 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 311 aa  298  5e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  49.06 
 
 		 321 aa  292  4e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 304 aa  291  8e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  48.1 
 
 		 321 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 321 aa  290  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 321 aa  288  8e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 317 aa  287  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 331 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 321 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 308 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.02 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.34 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.34 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  40.75 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  40.88 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.66 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  44.37 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.18 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.18 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 313 aa  211  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.67 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.67 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.67 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.67 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.67 
 
 		 311 aa  205  8e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>