More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3718 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  59.61 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  59.61 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  63 
 
 		 306 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  59.61 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 308 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  59.74 
 
 		 307 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.07 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  60.46 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  59.41 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 301 aa  364  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  54.88 
 
 		 309 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  54.21 
 
 		 318 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 		 313 aa  315  5e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  48.38 
 
 		 304 aa  300  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  49.67 
 
 		 317 aa  299  4e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  50.49 
 
 		 319 aa  298  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  5e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  50.49 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 319 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 316 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 319 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 318 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 315 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 319 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 330 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 315 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 319 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  49.19 
 
 		 319 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 307 aa  286  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 304 aa  285  9e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 321 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  46.35 
 
 		 321 aa  275  5e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 318 aa  275  7e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 331 aa  269  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 321 aa  269  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 321 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 324 aa  249  5e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 311 aa  209  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 313 aa  208  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  43.21 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  39.58 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.21 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.21 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.46 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.79 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.54 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.54 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.52 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.71 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  36.36 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.54 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.84 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.79 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.03 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.03 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.03 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>