More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1422 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  613  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 320 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  44.14 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  39.73 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  207  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  37.54 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  38.51 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.32 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.98 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.64 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  37.97 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.49 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  37.33 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  39 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  37.63 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 331 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  37.14 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.8 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  37.19 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.86 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.43 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.71 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.71 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>