More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0724 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  639    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  42.41 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  40.53 
 
 		 325 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  41.75 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  42.39 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  42.2 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  42.77 
 
 		 323 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 323 aa  196  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  37.17 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  37.91 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  35.6 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.13 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 319 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 318 aa  175  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.48 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.42 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.42 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  35.42 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  35.47 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 311 aa  173  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.11 
 
 		 319 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.11 
 
 		 319 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.11 
 
 		 319 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.11 
 
 		 319 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.11 
 
 		 319 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1422  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.628384  normal  0.116647 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2780  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.99 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.59 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  34.46 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  36.24 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2149  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0529153 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 312 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 321 aa  165  8e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  36.92 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>