More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1050 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  614  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 307 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 302 aa  323  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  51.84 
 
 		 302 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  322  7e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  51.51 
 
 		 302 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 312 aa  290  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 308 aa  242  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  48.19 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 301 aa  235  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  44.93 
 
 		 299 aa  232  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  46.57 
 
 		 304 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  45.85 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 339 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  45.29 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.93 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.25 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.89 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.74 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.94 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.48 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.48 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.48 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.48 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>