More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2434 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  613  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  71.81 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  64.9 
 
 		 339 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 339 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 304 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 304 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 304 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 304 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 304 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  64.33 
 
 		 305 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  64.67 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 305 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 306 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 308 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  59.73 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  60.07 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.74 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 305 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 305 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  59.06 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 307 aa  346  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  57.38 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 304 aa  235  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 312 aa  218  8.999999999999998e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 317 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.01 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  31.56 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.58 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.77 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.77 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  29.59 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.77 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.77 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>