More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0131 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 306 aa  364  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  56.91 
 
 		 339 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 339 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 305 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 305 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 308 aa  358  8e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 309 aa  357  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  58 
 
 		 305 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 301 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  56 
 
 		 305 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.33 
 
 		 305 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 305 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 304 aa  338  8e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  56.9 
 
 		 304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 305 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  54.03 
 
 		 299 aa  335  7e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 305 aa  322  3e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 307 aa  208  9e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.78 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.17 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  26.58 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 309 aa  102  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>