More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4934 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 306 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  85.2 
 
 		 306 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 309 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  79.53 
 
 		 309 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 303 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  79.53 
 
 		 301 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  79.19 
 
 		 307 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  76.55 
 
 		 307 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  78.19 
 
 		 313 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  78.52 
 
 		 317 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  75.9 
 
 		 309 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 307 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 320 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 315 aa  191  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 351 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 316 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 418 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  28.85 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  28.85 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.2 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>