More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3023 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  717    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 315 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 418 aa  245  6.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 308 aa  216  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 313 aa  215  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 320 aa  203  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 306 aa  157  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 316 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.38 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 325 aa  142  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.15 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 306 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 308 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  27.67 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 312 aa  95.1  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 311 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 343 aa  92.8  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 309 aa  92.8  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  26.9 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  26.9 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  24.28 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 318 aa  90.1  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 301 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 313 aa  89.7  7e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9122  transcriptional regulator LysR family  27.21 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  25.32 
 
 		 299 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  23.47 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  27.05 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.02 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  27.46 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  27.46 
 
 		 319 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>