More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2390 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  615  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  98.28 
 
 		 292 aa  587  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  80.34 
 
 		 292 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  80.34 
 
 		 292 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  80.34 
 
 		 292 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  80.34 
 
 		 292 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  80 
 
 		 292 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1952  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 263 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018508 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2021  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 263 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000475915  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1920  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 263 aa  168  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.304852  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3090  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1680  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.237518 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0673  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.750884 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0412  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0159161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1421  conserved hypothetical protein  88.06 
 
 		 68 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2378  hypothetical protein  88.06 
 
 		 68 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2535  hypothetical protein  88.06 
 
 		 68 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2620  hypothetical protein  88.06 
 
 		 68 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1413  hypothetical protein  88.06 
 
 		 68 aa  119  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19930  transcriptional regulator  26.42 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169185  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02164  hypothetical protein  86.57 
 
 		 68 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02123  hypothetical protein  86.57 
 
 		 68 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  29.53 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.27 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.62 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.55 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  27.38 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>