More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2055 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  620  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 313 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 320 aa  218  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 325 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 418 aa  185  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  27.7 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  28.67 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  28.67 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  29.35 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.48 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>