More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2937 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  95.41 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 305 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  89.84 
 
 		 305 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  89.18 
 
 		 305 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 305 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 		 308 aa  454  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  70.49 
 
 		 305 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  70.63 
 
 		 304 aa  424  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  69.31 
 
 		 304 aa  421  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 305 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  62.54 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 305 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  60.93 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  60.74 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 301 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 306 aa  362  5.0000000000000005e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 301 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 304 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 311 aa  245  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 302 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 307 aa  212  7.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 312 aa  206  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  31.6 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  33.99 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.14 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  30 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 305 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 290 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>