More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4060 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  100 
 
 		 311 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  39.43 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.8 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 317 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.56 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.39 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.56 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.64 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.69 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  36.57 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.21 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.21 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.92 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.8 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  35.46 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.25 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.16 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  36.51 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.39 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.39 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.39 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.39 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.39 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.98 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.98 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.98 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.98 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.98 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.92 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.12 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>