More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4146 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4146  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1617  LysR family transcriptional regulator  65.64 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0228191  normal  0.551931 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1391  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 302 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1787  LysR family transcriptional regulator  60.67 
 
 		 323 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0486  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 299 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0870  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  341  9e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0673  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  341  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1627  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  341  9e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682132  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2683  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4455  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 295 aa  340  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246938 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1606  transcriptional regulator  61.99 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139843  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  35.23 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.46 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.46 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.46 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.46 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.46 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 299 aa  149  9e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 299 aa  149  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.21 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.21 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.21 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.21 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.21 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.29 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.99 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 302 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.6 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.93 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  34.35 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  34.73 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  129  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>