More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0440 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 290 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  85.52 
 
 		 290 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  90.34 
 
 		 290 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  79.66 
 
 		 294 aa  500  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.21 
 
 		 290 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.21 
 
 		 290 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.21 
 
 		 290 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.21 
 
 		 290 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.86 
 
 		 290 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.79 
 
 		 290 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.48 
 
 		 290 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.48 
 
 		 290 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 290 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  70 
 
 		 292 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.9 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 292 aa  333  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.47 
 
 		 293 aa  331  9e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 295 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 304 aa  301  8.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.56 
 
 		 293 aa  299  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.56 
 
 		 293 aa  299  3e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.56 
 
 		 293 aa  299  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 295 aa  296  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.28 
 
 		 298 aa  296  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.17 
 
 		 296 aa  295  6e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 296 aa  293  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.6 
 
 		 304 aa  292  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 296 aa  291  9e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  51.19 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  51.19 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 295 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 295 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 295 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 296 aa  289  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  288  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  288  6e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  45.89 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.75 
 
 		 294 aa  271  7e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.34 
 
 		 284 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.02 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.45 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.47 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.79 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.75 
 
 		 307 aa  234  9e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.71 
 
 		 293 aa  234  9e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.73 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.55 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  28.46 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3071  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0185768  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>