More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1639 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  51.07 
 
 		 290 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 289 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 293 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 293 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 296 aa  256  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 321 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 304 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.8 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 281 aa  135  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.63 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 293 aa  126  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 386 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 300 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.94 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.39 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.11 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.39 
 
 		 290 aa  92.4  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.39 
 
 		 290 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.92 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.39 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.72 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 287 aa  89.4  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 293 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.9 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.61 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>