More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04020 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 290 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  60.99 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.28 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.36 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.93 
 
 		 290 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.08 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.93 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.77 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.77 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.77 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.77 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.37 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.83 
 
 		 290 aa  264  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.74 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.67 
 
 		 290 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.06 
 
 		 298 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.64 
 
 		 290 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.75 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.7 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.44 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.98 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.25 
 
 		 292 aa  249  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  42.71 
 
 		 296 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.44 
 
 		 293 aa  245  6e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.22 
 
 		 295 aa  241  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.88 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 296 aa  238  5.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 295 aa  238  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.9 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.53 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  46.58 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  46.58 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  46.58 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.16 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.67 
 
 		 293 aa  225  9e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.21 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.97 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.58 
 
 		 293 aa  222  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.06 
 
 		 326 aa  219  5e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  36.68 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  36.61 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 316 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 314 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 314 aa  95.9  6e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 298 aa  95.5  8e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  29.37 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 305 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  25.85 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  31.52 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 301 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 291 aa  92.8  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 301 aa  92  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 305 aa  92.4  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.06 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>