More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4872 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 289 aa  254  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  48.57 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 289 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  39.44 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 287 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 287 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 294 aa  148  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  32.51 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  33.9 
 
 		 318 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.36 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.02 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>