More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2677 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  556  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  72.38 
 
 		 295 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 287 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 287 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 287 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 286 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 314 aa  128  9.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 297 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  32.77 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  32.91 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  31.8 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 311 aa  116  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.69 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>