More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1835 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  93.73 
 
 		 287 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  93.38 
 
 		 287 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  93.73 
 
 		 287 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  83.8 
 
 		 286 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  75.87 
 
 		 286 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  75.44 
 
 		 286 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  41.43 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 305 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.44 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 334 aa  115  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 313 aa  112  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.71 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 337 aa  109  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  29.8 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 336 aa  108  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  30.14 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 331 aa  106  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  29.45 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>