More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_29540 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  551  1e-156  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  36.24 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 288 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 289 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 326 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 292 aa  92.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 311 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 311 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.66 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  33.47 
 
 		 326 aa  89.4  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  29.75 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  32.82 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  28.18 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3592  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>