More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0133 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  81.88 
 
 		 290 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  80.7 
 
 		 290 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 291 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 287 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 286 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  30.5 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 301 aa  99.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 289 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.23 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.6 
 
 		 316 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 308 aa  93.6  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  25.31 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  29.54 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 311 aa  89.4  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 286 aa  89.4  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  23.16 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  89  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  24.55 
 
 		 288 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  24.55 
 
 		 288 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  29.96 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  22.41 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 309 aa  86.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 325 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  24.55 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  25.7 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>