More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4288 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  594  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 304 aa  457  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  62.96 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  62.96 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  54.06 
 
 		 288 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  54.06 
 
 		 288 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 292 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 287 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 305 aa  271  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 311 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 311 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 311 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 289 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 305 aa  268  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 289 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 289 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 289 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 283 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  35.61 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  34.77 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.87 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  31.56 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  32.05 
 
 		 323 aa  118  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.14 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  30.77 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.49 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>