More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0178 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  91.72 
 
 		 290 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  81.88 
 
 		 292 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 287 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  29.78 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 311 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 311 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.36 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 287 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 311 aa  99  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 292 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 286 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 292 aa  95.5  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.88 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 308 aa  93.2  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  24.43 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  25.73 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 318 aa  90.1  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 328 aa  89.7  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 326 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 298 aa  89.4  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.73 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  28.81 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  28.81 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  27.6 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 320 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 311 aa  86.3  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 312 aa  85.9  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 320 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  85.5  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 310 aa  85.5  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 320 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>