More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3147 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 290 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  91.72 
 
 		 290 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  80.7 
 
 		 292 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 287 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  99  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 289 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  26.36 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  26.36 
 
 		 303 aa  97.4  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 286 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 311 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  30.82 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  27.63 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  28.45 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 311 aa  92.8  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  25.31 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 320 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 302 aa  90.1  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.36 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  24.27 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.36 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.16 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 308 aa  87.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  22.98 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 328 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 297 aa  85.5  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 308 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  26.99 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  23.66 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>