More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1279 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  583  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  58.95 
 
 		 288 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  58.95 
 
 		 288 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 292 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 289 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 289 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 289 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 289 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  49.29 
 
 		 311 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  49.29 
 
 		 311 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 304 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  38.99 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 286 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 274 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.58 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.8 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 325 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.51 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.34 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.04 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 356 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  31.73 
 
 		 330 aa  112  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  30.23 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.12 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.12 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.12 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.75 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 322 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>