More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2407 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  563  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 288 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 291 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 287 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 311 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 311 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 295 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 287 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  39.01 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 314 aa  139  7e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  33.81 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 322 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.33 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  32.24 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.84 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  33.47 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>