More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0485 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  584  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  84.64 
 
 		 294 aa  500  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  37.32 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 274 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 286 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  30.99 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  104  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 293 aa  99  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 297 aa  95.9  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 318 aa  95.5  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  27.68 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 301 aa  92.8  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 294 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>