More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0269 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  100 
 
 		 298 aa  608  1e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  59.01 
 
 		 298 aa  347  2e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  54.45 
 
 		 298 aa  337  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 297 aa  330  1e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 307 aa  301  8.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 314 aa  205  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0437  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 181 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 319 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 318 aa  160  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0221  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 319 aa  149  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  149  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.7 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.37 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  33.33 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  30.9 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  30.9 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.16 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  32.16 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>