More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0142 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  54.67 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  52.72 
 
 		 298 aa  322  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  53.61 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0437  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 181 aa  194  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  39.84 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.61 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 329 aa  145  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 314 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  32.97 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  33.6 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 326 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.9 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 315 aa  132  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>