More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3322 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.8 
 
 		 325 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  56.45 
 
 		 313 aa  322  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 294 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 293 aa  276  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 319 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  31.75 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  32.6 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  33.73 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  31.35 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.35 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 324 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5552  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 316 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.68 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.75 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.95 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  30.16 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  35.5 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>